Im Jahr 1848 tagte die Versammlung der Bischöfe im Königreich Bayern erstmalig als „Konferenz der Bayerischen Bischöfe“. Unter dem Vorsitz des Münchner Erzbischofs Julius Kardinal Döpfner, gab sie sich am 03. April 1968 ein Statut, und nannte sich „Freisinger Bischofskonferenz“ – Bezug nehmend auf den damaligen Tagungsort und mit Rücksicht auf die Zugehörigkeit des Bistums Speyer.

Seitdem kommen die bayerischen (Erz-)Bischöfe und Weihbischöfe sowie der Bischof von Speyer jeweils im Frühjahr und im Herbst zur Beratung zusammen. Die Vollversammlung im Herbst findet immer auf dem Freisinger Domberg statt. Seit 2009 findet die Frühjahrsvollversammlung in einem bayerischen Wallfahrtsort statt, u.a. in Altötting (Bistum Passau), Vierzehnheiligen (Erzbistum Bamberg), Irsee/Kaufbeuren (Bistum Augsburg), Wemding (Bistum Eichstätt) und Waldsassen (Bistum Regensburg).

Die Freisinger Bischofskonferenz dient der gegenseitigen Beratung, der Koordinierung der kirchlichen und pastoralen Arbeit sowie dem gemeinsamen Erlass von Entscheidungen für die Bistümer der beiden Kirchenprovinzen.

Vorsitzender der Konferenz ist der Erzbischof von München und Freising, sein Stellvertreter der Erzbischof von Bamberg.

Die Freisinger Bischofskonferenz ist vom Apostolischen Stuhl, d.h. päpstlich errichtet.